Мешіттердің барлығы да Қазақстан Мұсылмандарының діни басқармасына бағынуы керек пе? Бұл сауал діни қызметкерлер арасында екі түрлі пікір туғызып отыр. Діни қызметкерлердің бір тобы Қазақстандағы мешіттердің қызметін қадағалау үшін діни басқармаға бағынуы қажет деген пікірді ұстанса, енді бір тобы бұл пікірмен келіспейді. Олар жекелеген мешіттердің өз алдына діни ұйым болып құрылуы ешкімге кедергі келтірмейді дейді.